旌德县人民检察院始建于1951年，时称“旌德县人民检察署”，主要负责一般法律监督和参加一般案件侦查。1955年，改名为“旌德县人民检察院”，主要担负案件批捕、起诉及自侦案件侦查任务。文化大革命期间，因“四人帮”和极“左”路线的破坏，旌德县人民检察院被取消。1979年后，随着刑事诉讼法、人民检察院组织法的通过颁布，旌德县人民检察院得以重建，旌德县人民检察院也进入了一个新的发展时期。重建后的旌德县人民检察院原址设在旌德县城夫子庙，1984年迁入县政法大楼。2013年4月，旌德县人民检察院迁入县城政务新区，办公办案环境得到了质的提升。

  旌德县人民检察院现有编制32人，实有检察干警29人，院领导6人（检察长1人，副检察长3人，纪检组长1人，检察委员会专职委员1名）。内设办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部等5个科室。